竪穴住居跡や掘立柱建物跡、お墓などで構成される集落遺跡、信仰遺跡（寺院跡や祭祀遺構など）、生産遺跡（窯や工房など）、耕作地（水田・畑）、道路遺構など、過去の土地利用の痕跡を「遺跡」といい、遺跡保護のために実施する学術調査のほか、開発で破壊を免れない場合に行われる緊急調査などの発掘調査を実施しています。
発掘調査では旧石器時代から現代に至る先祖の生活や営み、土地利用の変化などを明らかにするため、遺物の出土状況に留意しながら竪穴住居や柱穴などを掘り下げ、遺構図面や遺物出土状況を記録するとともに、発掘調査後は資料を水洗し、出土遺物の実測図を作成、図版化して、後世に永く記録を残すための発掘調査報告書を作成します。
発掘調査の状況
掘り上がった住居跡の遺物遺跡から出土した文化財は、脆弱なものが多く、そのまま放置すると形状が失われてしまいます。これらの文化財をより良い状態で後世に伝えるため、Ｘ線透過装置や蛍光Ｘ線分析装置などの分析機器を使って状態や材質を調査して、保存処理をしています。
出土した木製品は、内部の組織が壊れて多くの水分を含みます。そのまま乾燥させると収縮や変形がおきるため、内部の水分を安定的な樹脂等に置き換えて形を維持する保存処理を行います。
金属製品の保存修復では、腐食の進行を抑制するために保存処理により化学的に安定化させます。また、必要に応じて形状や文様を明らかにし、資料が持つ情報を引き出し、文化財の研究や活用につなげています。
X線透過写真（笛吹市竹居古墳群出土）
木製品の樹脂含侵による寸法安定化
金属製品のクリーニング文化財の分析では、遺跡の堆積物中から火山灰（テフラ）を検出するテフラ分析や土器中に含まれる岩石鉱物に注目した胎土分析を行っています。
遺跡の堆積物中から検出されるテフラは、堆積物の時代を決定する指標になります。
土器は、粘土や砂などを原料にして作られています。日本列島には複雑な地質が分布していることから、含まれる粒子の特徴を調べることで原料の産地や土器の製作地を推定することができます。その結果からは、古い時代における人の移動や交流、ものの生産や流通などが見えてきます。
土器中の砂粒の顕微鏡写真2025年2月 / A4判 / 総12頁 【ダウンロード】
研究活動の活性化と研究成果の発表を目的に、研究報告（紀要）を1989年より発行しています。
研究報告書 第16集からは帝京大学文化財研究所より刊行しています。
岩田書院発行
宮澤 公雄編 / 研究集会報告集１
櫛原 功一編 / 研究集会報告集２
平野 修編 / 研究集会報告集３
畑 大介編 / 研究集会報告集４
2003古代考古学フォーラム『古代の社会と環境』
柳田国男生誕130年・山梨県博開館記念シンポジウム